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如何用Graphpad Prism5快速做出符合SCI投稿要求的统计图

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发表于 2015-5-13 08:52:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
来源:医学生学术
6 {: U2 g' k: |$ u% K' B! z
  您还在为做统计图头痛不已吗?还在一边抱怨excel怎么这么笨却又不想从零开始学习那些复杂的统计作图软件吗?有没有什么解决的办法呢?

3 d) J+ L  h. M0 W/ @$ Y
  小编发现GraphPad Prism不仅简单易学而且可以搞定大部分医学研究所需的统计与作图,所以今天总结了几种常用统计图的做法,教您轻松快速地做出漂亮的统计图,您只需花很少的时间看完这个教程就可以彻底摆脱excel笨拙的作图功能了。
' p  p- B3 i9 [1 H; N+ q! x
——正式开始——
# K. i" T8 v% U) e9 H3 I* d
1. 折线图

3 z+ z# {2 n. ?8 i# O, N
  折线图最为统计图中很常见的一类图,它的特点是可以显示随时间而变化的连续数据,因此每个数据点都有一个相应的X轴值和Y轴值,所以我们在用graphpad做折线图时在数据表类型的选择上一般选XY图(XY graphs)。如下文实例。
+ x9 q! A: T% Y" |: n+ S5 i( K
1.1 根据Table1的1组原始数据(4个样本在4个时间点分别测得的OA值)做折线图
. k$ v4 N) M9 O. o8 u
Time (days)
OA
0.
0.942
0.846
0.691
0.515
4.
0.717
0.836
0.653
0.483
24.
0.408
0.367
0.342
0.231
48.
0.451
0.409
0.335
0.196

- ~4 j* }* h; f2 y
  打开Graphpad prism 5软件,选择XY图(XY graphs),折线图图标,因为是原始数据,需要软件帮你计算均值和误差,因此你要告诉软件你的Y值的样本数是多少,这边的样本数是4,因此我们把样本数设为4,如下图:
' W, u0 N5 S8 q: R; Y

9 T) u4 c) T7 A. R$ u% C. A$ ?& J

! T! [( h( o; Z; n; O
  在Data分栏中将数据粘贴进去,如下图

4 v, _/ E5 W$ I& [' D' ?

6 r+ o4 n6 p# r! {% [& \' U
6 H" s) Q* O) \! t, ]$ y1 l) K
  软件就会自动帮你算出均值和误差值,并做好折线图,把字体和坐标轴方向改成你想要的格式后,如下图一幅漂亮的折线图就做好了,简单吧?
/ I1 F6 z: w' f( |) r( Q& c. k0 J

  b6 J+ Z/ c  P8 s
1.2 根据Table2的原始数据(治疗组和对照组的4个样本在4个时间点分别测得的OA值)做折线图
: {! \9 u& k8 k$ ^
& h) M. ^2 Z/ S# `# G
. L: \, b' F) C: g! B4 o
  打开insert 菜单的New Data Table功能,加入一张新的数据表,见下图

' I$ L7 o0 F* w/ c
/ e& B. f  j; r) Y1 A8 V0 t

0 B: e  Z- _" E; D
  仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件样本数是4
6 @. k! t) I8 ~* b

" J1 B0 j7 A: T9 F. f0 V( t
1 T+ o2 \# V+ Z+ _. C- b% \; C
  在Data栏中输入数据

& A) @5 C& |; J9 z
4 w' S( {; T/ y

( H, W3 V  _5 f  {; w. m& |; e% I
  软件已经自动帮你把图做好了,稍微美化后得下图:

8 B" n( r" c8 Z- @

& h( E2 O2 z0 e/ Y  P

" _. A0 O; Q- r. l" G: `
1.3 用已经处理好的1组数据做折线图

; O3 i" m9 @& i1 w
  如果你的数据是用其他软件(excel,origin,etc..)已经处理过的,Graphpad prism也可以帮你完成剩下的作图工作,你只需告诉软件你输入的数据是已经计算好的就行了,比如你想用Table3的1组数据做折线图

; v2 R5 Q, D9 k3 S
Table3
Time (days)
OA
Mean
SD
0.
1.000
0.17
4.
1.725
0.21
24.
2.133
0.41
48.
1.859
0.56
- ~5 K. j2 H1 m6 S
新建一个数据表,仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件你输入的是计算好的值,见下图
: J* u  d2 ^- X# w0 r3 L+ ~

- f2 ]+ A! f) ~5 a5 H1 d& w

+ S" _' z2 k& b: I8 w5 k/ g; F
在data栏中粘贴数据,如下图
! B. I3 r% _$ f& G7 j6 O! A9 {/ P

! a. l4 L& G3 Y2 I+ }; k4 b
' k* Q  T# o4 `  V+ P+ F
  打开Graphs栏目下的Data3,看到软件已经做好了图,稍微调整一下字体的大小,就可以得出下图所示的折线图了:

& l5 W$ C5 [! x( q0 }

4 O9 i/ C. n, c
1.4 用已经处理好的2组数据做折线比较图
( U% `% |5 i. k5 _3 n& }
  如果要用Table4所示的两组已经处理好的数据作图,步骤和1.3的一样。

: w7 V- @5 S. Z( l( O! z, L: z
+ U$ d0 s  e8 k1 q- d
% e# g8 F' i+ P. d
  仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件你输入的是计算好的值,见下图:

0 y. `* \2 [8 @8 q. p

) @- L$ W" H7 I+ H
! I) i" m2 ^6 b% p) f' ]8 f4 E
  将数据粘贴进去

4 O: B+ w) q, ^! @6 \8 F

. r  I+ T0 _, f; Y# t
) M$ j0 h1 M6 Z7 p& P+ l
  软件即时生成的图如下图所示:

7 o$ h8 F1 |, s' |' [: m
( E# t3 `" @7 Q/ v1 f1 ?$ B

' J& f4 o3 B$ b
折线图的处理讲完了,简单吧,让我们来看看柱状图怎么做

/ w1 `5 h2 }4 M8 n0 h+ O
2. 柱状图
' R+ G3 A7 z7 Y/ @. q7 M% o
  柱状图可以很直观地表示出不同组别之间的数值差异,和折线图不同的一点是它的X轴对应的是组别而不是数值,因此在GraphPad分类栏的选择上也有所不同,见下文的实例
% \$ r6 [$ T. k0 t- t/ s4 R* S
2.1根据Table 5的原始数据做柱状图

" D& s" N/ N( o
Table 5
Control A
Control B
Sample1
0.942
0.717
Sample2
0.846
0.836
Sample3
0.691
0.653
Sample4
0.515
0.483

! Q& y1 O2 I* W! q; j% V% u! i5 h1 {
  选择Column graphs栏,因为该栏默认输入的都是原始数据,因此没有输入样本数的地方,只需选择数据处理类型为(Mean&SD), 如下图。
4 d$ {# A0 T- I( \8 j
  D5 x0 `& ?" m4 r  j0 s& |& w$ j
( N$ K7 u# d6 M3 R
在Data分栏中输入以下数据
& H$ q% u7 ^5 S" y& A/ M

$ z# k6 v4 w! ]# g

7 n3 d, t2 F0 c. M. Y
软件就会自动帮你算出均值和误差值,并做好柱状图,见下图:
9 d; |2 l  H$ f1 m
- i) O' M$ C& x, r6 y. U! I* s
2.2 根据Table6的原始数据做两组数据比较的柱状图
2 q  m1 \1 E, }, t4 C- Z, F8 U2 t
Table 6
Group A
Group B
Control
0.942
0.846
0.691
0.515
,
0.717
0.836
0.653
0.483
Treated
0.408
0.367
0.342
0.231
0.451
0.409
0.335
0.196
& {4 g$ q* s4 h) D' @$ Z( f. D
  这次因为涉及到两组数据比较,所以我们选择grouped栏,图表类型选择柱状图,因为Grouped栏并不是像Column graphs栏一样默认输入的是原始数据,因此有输入样本数的地方,这边的样本数是4,因此我们相应地设置样本为4,见下图:
. q* o; h  z% V! q) t+ E

7 I/ o3 ^: j0 w! L& S' F- x7 p2 a

9 r8 D6 E; o7 r, E9 k) d. H) q
  在Data分栏中输入以下数据
' r2 {6 V3 w& \) \
* E8 C2 J1 U. h; w2 I
% y" ?' t( l+ F, L+ t* y
  软件会自动帮你做好一幅漂亮的分组柱状图,如下图。

, w7 L( Z" g* w

- G$ h. r) r# n7 V
2.3如果你的数据是已经处理过的数据也可以直接导入或拷贝到Graphpad,现在我们用Table7中的数据做一个柱状图

- Z* @$ B8 Q2 c' c( l/ f) W
Table 7
Control
Mean
SD
A
1.000
0.17
B
1.725
0.21
C
2.133
0.41
D
1.859
0.56
0 M. i0 y$ ~7 \; ?$ l9 o, o! ]/ K
  仍然选择Grouped栏,告诉软件你输入的值是已经计算好的,如下图
% S. }, ^( u: F; F) w7 A9 }
  r) |) t( H, N! B
: R$ \8 H* c3 B$ a- J' h7 ?
  软件及时生成柱状图,如下图

- j* s& N1 R5 U, V. y
% _. y$ S5 T6 m- O7 w
2.4 用两组计算好的数据做一个两组比较的柱状图

. e( x2 B; G2 l9 x# I
用Table 8的数据做成两组比较的柱状图
: K+ n! |, g4 q' S
Control
Treated
A
1.000
0.17
3.604
0.31
B
1.725
0.21
2.534
0.43
C
2.133
0.41
3.381
0.74
D
1.859
0.56
3.913
0.93
! D" A2 Y% e+ e  K" ^
  操作步骤和2.3一样,只需多输入一组数据,仍然选择Grouped栏,告诉软件你输入的值是已经计算好的,如下图

& _. L4 C7 ]3 z3 X+ i
3 X5 _' Z2 @' r% H. T1 |0 v

) u. ~) f* [, {" c, F6 N1 W
在data栏中输入数据

6 X1 I$ d) W0 L' s& t% G

! X4 K( V" o' q6 ]  P$ m' [5 K& b

5 s* T! U* @8 R" ~; S
软件即时生成的图如下图
' V+ l- J3 Z! G7 M/ W. e
! i8 Z' A0 [% N3 r

6 k* d9 `0 j! c3 s
折线图和柱状图的处理都讲完了,在graphpad数据表类型的选择上小编总结出了2条规律:

: [1 e9 d! j, |: f- R) L
一、折线图,散点图这种有一一对应的X,Y值一般都选择XY栏
二、柱状图,箱型图这种有组别的数据需要用软件计算的选择column栏,处理加工过的数据一般选择group栏。

' m! [8 T# }! o) v. b/ H
3. 组合和导出图片
' G; ]  v) O3 ?/ b
点击layout栏,出现下图所示界面

$ o( y( S% A, r8 {0 x" }
2 ~1 E# p+ T5 W$ N2 I0 ~

0 W6 R% o% F- t. H1 K0 B9 M: H5 i$ ?
4 _6 Q" n. V, |7 W2 S
  根据你的图片的数量,选择合适的布局,下图选择的是6张图分成3排排列

% O; r; P" B, t
7 ~$ z* i) ~8 J8 Y

4 L8 U% D2 S- [$ O
  将做好的图片拖到对应的方格中,用添加文章工具加入图片编号,完成后如下图所示

* M" Q6 `# W9 o; N+ Y. F+ w
4 O( f6 H6 R$ F- R0 }) B1 ]# M1 ~

3 V- h: D& n% j) ~# I1 x
  然后导出图片:点击File目录下的Export,出现下图所示的界面,选择好符合相关SCI杂志要求的格式,分辨率和宽度,如下图

5 _& z* e; j: I

0 i7 }* N7 C/ N/ F7 ^  G

) E# L# }  l) l0 W$ ]  H# k  r' m* o
  点击ok,一张漂亮的可以直接拿去投稿的组合图就做好了,见下图
$ \! r  h2 Q7 d% B0 g8 W
2 u1 T) K0 E/ O5 {1 F

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 楼主| 发表于 2015-5-13 08:55:08 | 显示全部楼层
补充,对于样本量少于5的Groups图,不建议做柱状图,而应该做散点图。

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论坛元老

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发表于 2015-5-13 09:12:24 | 显示全部楼层
满清兄有心了,前几天刚聊到这个软件,就分享出教程了!
5 M3 z3 Y  T' H$ e* H% K
5 H! S' A' a2 n9 m/ g5 P4 S1 Y# |) C7 d
比起SAS、SPSS来说,这个GraphPad Prism易学易用,建议微信号推广一下         

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 楼主| 发表于 2015-5-13 09:25:05 | 显示全部楼层
walkundersky 发表于 2015-5-13 09:12+ V6 L/ @, n' E5 y5 q$ }
满清兄有心了,前几天刚聊到这个软件,就分享出教程了!

! e+ b4 i0 ^- c% Z刚好微信圈有这个,就转过来了。

9

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病毒学院小学生

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发表于 2015-5-13 17:01:15 | 显示全部楼层
很棒的软件啊!表示喜欢!
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