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如何用Graphpad Prism5快速做出符合SCI投稿要求的统计图

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发表于 2015-5-13 08:52:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
来源:医学生学术
3 o9 E! H7 I3 f# m' Q
  您还在为做统计图头痛不已吗?还在一边抱怨excel怎么这么笨却又不想从零开始学习那些复杂的统计作图软件吗?有没有什么解决的办法呢?

# n: ?; |/ W4 ]; A( c
  小编发现GraphPad Prism不仅简单易学而且可以搞定大部分医学研究所需的统计与作图,所以今天总结了几种常用统计图的做法,教您轻松快速地做出漂亮的统计图,您只需花很少的时间看完这个教程就可以彻底摆脱excel笨拙的作图功能了。
+ t& Z% v- `8 M0 e, t/ G1 P6 e% F
——正式开始——

* `! J% {+ d8 z0 ^4 M" X* h' ~4 H; l
1. 折线图
' ~5 K8 x2 B% ?/ `
  折线图最为统计图中很常见的一类图,它的特点是可以显示随时间而变化的连续数据,因此每个数据点都有一个相应的X轴值和Y轴值,所以我们在用graphpad做折线图时在数据表类型的选择上一般选XY图(XY graphs)。如下文实例。

  R9 F, u3 t1 Y4 O* u4 \! F: Y
1.1 根据Table1的1组原始数据(4个样本在4个时间点分别测得的OA值)做折线图
, V( ]6 I0 o5 O" K
Time (days)
OA
0.
0.942
0.846
0.691
0.515
4.
0.717
0.836
0.653
0.483
24.
0.408
0.367
0.342
0.231
48.
0.451
0.409
0.335
0.196

$ l  k( L+ y8 b6 v
  打开Graphpad prism 5软件,选择XY图(XY graphs),折线图图标,因为是原始数据,需要软件帮你计算均值和误差,因此你要告诉软件你的Y值的样本数是多少,这边的样本数是4,因此我们把样本数设为4,如下图:
- Y3 C, n# r! f+ [

1 Z1 \# |9 l3 B$ E

3 g$ W" u  R. b. ?& X2 Z
  在Data分栏中将数据粘贴进去,如下图
5 X- N* |/ a) e3 v7 P

0 L- @9 d& ]- R( E2 x, L' P
3 a5 ?. \9 w1 M; Y  R; `  m7 y; N. B
  软件就会自动帮你算出均值和误差值,并做好折线图,把字体和坐标轴方向改成你想要的格式后,如下图一幅漂亮的折线图就做好了,简单吧?
! e. A& W/ u1 c' b0 |
( Y. ~$ k. N7 T% L2 Q1 y; E+ J
1.2 根据Table2的原始数据(治疗组和对照组的4个样本在4个时间点分别测得的OA值)做折线图

% W! `# t# @9 n! I8 Y
3 Y3 u- V$ `* |" x. ]  K" q

: h0 O* z4 Y. s* d: g% g4 D
  打开insert 菜单的New Data Table功能,加入一张新的数据表,见下图

0 n2 g  ]( y! \2 F/ T

4 }4 o, }: {. m8 _
& G/ ]. c: i* ?
  仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件样本数是4
# A1 v6 b/ g9 o3 `+ W( u! @- s

8 O& T3 H1 W  x+ p8 G0 T
/ h6 H, e/ l6 }# J( T* }
  在Data栏中输入数据
' W, s+ D) W" R* H4 S4 C

8 a$ M% M6 l; F1 l
6 e& I& E7 I% R7 `9 `5 I
  软件已经自动帮你把图做好了,稍微美化后得下图:

* `7 v- M6 a$ m) ?$ K5 [% S) Z6 {( M

9 \. \( l( c! y
( B0 _6 S$ h, o8 j. Y' D
1.3 用已经处理好的1组数据做折线图
0 H. `& T* I* U' L
  如果你的数据是用其他软件(excel,origin,etc..)已经处理过的,Graphpad prism也可以帮你完成剩下的作图工作,你只需告诉软件你输入的数据是已经计算好的就行了,比如你想用Table3的1组数据做折线图
  h. p4 V# ?- j. @
Table3
Time (days)
OA
Mean
SD
0.
1.000
0.17
4.
1.725
0.21
24.
2.133
0.41
48.
1.859
0.56

/ R& D# k- ?5 k3 c
新建一个数据表,仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件你输入的是计算好的值,见下图

3 L! B% q7 M' ~! X; c1 a

" x. c& }8 r4 K

. n1 W+ x5 r4 o% g% q2 S
在data栏中粘贴数据,如下图

1 e4 x0 n8 D+ ?

4 G8 k2 f) E7 q, t

6 `; D- B0 N! v2 i' f$ G
  打开Graphs栏目下的Data3,看到软件已经做好了图,稍微调整一下字体的大小,就可以得出下图所示的折线图了:

# C; H! B/ a" v& T/ u

) T- D/ Y3 W# j) X( Z
1.4 用已经处理好的2组数据做折线比较图

( F9 B7 s$ G3 h7 O
  如果要用Table4所示的两组已经处理好的数据作图,步骤和1.3的一样。
+ B, \% {8 {, r1 H. d% E2 C# l4 l9 x* [6 x
- N( G' T* a* M5 @
. {: G# Y0 G. u; f
  仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件你输入的是计算好的值,见下图:

8 J3 x; f( T& z5 N! n/ P0 j: ^  V
' H) W5 J. ]8 ~* ^4 `
6 T7 R7 J  B: F% H% X# f2 v
  将数据粘贴进去
! a2 W0 X) |/ e; K9 M  I( j
( |. {8 ~6 {% i6 N: m1 J+ X
5 F) b7 ~3 a3 O
  软件即时生成的图如下图所示:

; C4 @3 y5 X  w( v  k

* y9 @9 i4 W+ W2 H* a
3 [6 @6 O; I3 b8 F6 u6 O+ ^. o
折线图的处理讲完了,简单吧,让我们来看看柱状图怎么做
" u" e6 C1 T/ g. Q+ B6 ?$ Q, L$ C
2. 柱状图
6 x3 _* _' ?* Z% Q8 P' W0 P) ?' g
  柱状图可以很直观地表示出不同组别之间的数值差异,和折线图不同的一点是它的X轴对应的是组别而不是数值,因此在GraphPad分类栏的选择上也有所不同,见下文的实例
& v$ E$ t+ _, |) {2 Z3 b
2.1根据Table 5的原始数据做柱状图
! q) W2 i6 U8 @7 h
Table 5
Control A
Control B
Sample1
0.942
0.717
Sample2
0.846
0.836
Sample3
0.691
0.653
Sample4
0.515
0.483

+ m) n7 P! I0 Q& Y" c
  选择Column graphs栏,因为该栏默认输入的都是原始数据,因此没有输入样本数的地方,只需选择数据处理类型为(Mean&SD), 如下图。

# H' p4 q  O, O5 R9 l3 ^

- i7 ^# i* d; x7 Z

7 v, G' h3 u8 U! V$ E% b
在Data分栏中输入以下数据
+ B# `. J1 j0 L$ b% q: @

9 x8 u. \7 f( D8 E( d" V! w

5 v6 a- e; A  z( ]; S, z1 s6 H
软件就会自动帮你算出均值和误差值,并做好柱状图,见下图:

' U8 y- q% j) Z0 _

' [3 R) h: V3 t& E0 |( y& ]+ K' r0 q
2.2 根据Table6的原始数据做两组数据比较的柱状图

) z& F  P! T1 C  X& L
Table 6
Group A
Group B
Control
0.942
0.846
0.691
0.515
,
0.717
0.836
0.653
0.483
Treated
0.408
0.367
0.342
0.231
0.451
0.409
0.335
0.196

1 H  w0 \  W2 x: ~
  这次因为涉及到两组数据比较,所以我们选择grouped栏,图表类型选择柱状图,因为Grouped栏并不是像Column graphs栏一样默认输入的是原始数据,因此有输入样本数的地方,这边的样本数是4,因此我们相应地设置样本为4,见下图:
' P3 q" U4 B8 e% ^2 N) i! B1 H# O

0 G* Q: J9 W' d" N- F, y
# u' n0 e- V# i8 v& H' X
  在Data分栏中输入以下数据
& a8 K( x9 I& x& y. C4 C

% q7 |  Z" Q+ Z5 X

8 K) g# B5 E5 s- f1 j- x
  软件会自动帮你做好一幅漂亮的分组柱状图,如下图。
6 S( s$ C" l, ]1 m2 o) I% T

; p" X& z6 u7 v6 q
2.3如果你的数据是已经处理过的数据也可以直接导入或拷贝到Graphpad,现在我们用Table7中的数据做一个柱状图

2 z3 ]- p) k% U* p6 Z
Table 7
Control
Mean
SD
A
1.000
0.17
B
1.725
0.21
C
2.133
0.41
D
1.859
0.56
# X: H1 _% p5 u' D) I6 s5 [  R
  仍然选择Grouped栏,告诉软件你输入的值是已经计算好的,如下图
$ U& ]4 {/ V% K

+ J3 c' {- b. m5 |9 ~' f  B$ T

) G% `  l( h6 N0 z* ?- M5 C$ f* d
  软件及时生成柱状图,如下图
3 e5 S7 O/ ?; n! l, D* H  _
' d$ ^. X0 z8 D. S9 {# B8 M: V
2.4 用两组计算好的数据做一个两组比较的柱状图
- w- P; J* v, N+ H* |3 B
用Table 8的数据做成两组比较的柱状图

% |* J! ^, u9 l2 T0 v* V3 K
Control
Treated
A
1.000
0.17
3.604
0.31
B
1.725
0.21
2.534
0.43
C
2.133
0.41
3.381
0.74
D
1.859
0.56
3.913
0.93

5 p( O( {$ Q. C: l" P* `3 c
  操作步骤和2.3一样,只需多输入一组数据,仍然选择Grouped栏,告诉软件你输入的值是已经计算好的,如下图

0 n( P1 D* p5 f+ |4 Q3 C
3 C8 U* ~& O5 q& n  f' ?

) T9 c" U; A7 J, E4 {6 T1 Y- L! i
在data栏中输入数据

0 s) W3 Q3 [  c; R5 f6 L4 K

/ Z% N" L& w) Q+ U+ D( |7 U

4 ?$ w* v: q+ x/ D
软件即时生成的图如下图

- h& `# j5 E( h- d. f( e

4 f+ N6 q0 w( E7 o' N3 G. s

2 L  d# \4 Z3 X1 p4 ^/ {. x4 s
折线图和柱状图的处理都讲完了,在graphpad数据表类型的选择上小编总结出了2条规律:
9 ?) W' f# m8 E$ x4 l* x
一、折线图,散点图这种有一一对应的X,Y值一般都选择XY栏
二、柱状图,箱型图这种有组别的数据需要用软件计算的选择column栏,处理加工过的数据一般选择group栏。
: u5 v4 o4 }) m
3. 组合和导出图片
% x2 _- S" q! P9 Z  H% c
点击layout栏,出现下图所示界面
2 F1 J* h3 y- T
. u% v- T. N( T4 {
% t/ d4 {/ e, s! P$ D" `
3 z+ S. r( }! M+ p0 r. ?
  根据你的图片的数量,选择合适的布局,下图选择的是6张图分成3排排列

) P7 U+ f  D- k- I. i7 @% {/ F7 N

9 V( K. M9 B/ a: A4 A2 b- o! [

2 }# B  M. m/ f' u" [
  将做好的图片拖到对应的方格中,用添加文章工具加入图片编号,完成后如下图所示

, u% O9 O1 D2 n; r
3 y( @, ?7 }2 ^8 M3 W6 u" W/ ?/ c

4 a9 o: l. @/ m! S* Q# \6 {0 w: c, @* P
  然后导出图片:点击File目录下的Export,出现下图所示的界面,选择好符合相关SCI杂志要求的格式,分辨率和宽度,如下图
9 u3 p4 T# r2 u) A! _( q! m- _' o7 l

, I+ [1 E  R9 B$ h" S1 }* _
4 f% V5 Y# ^0 i: f6 z; e& q
  点击ok,一张漂亮的可以直接拿去投稿的组合图就做好了,见下图

) D& B7 q; o. [  I9 i( t8 ]) P

8 W0 X2 r) x8 z( @/ a- ]  X

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 楼主| 发表于 2015-5-13 08:55:08 | 显示全部楼层
补充,对于样本量少于5的Groups图,不建议做柱状图,而应该做散点图。

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论坛元老

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发表于 2015-5-13 09:12:24 | 显示全部楼层
满清兄有心了,前几天刚聊到这个软件,就分享出教程了!5 K; Q, T( w7 h8 y# n- A4 \7 h
& p3 p1 T5 u  C& j

: y' l5 I* G+ B, M6 F比起SAS、SPSS来说,这个GraphPad Prism易学易用,建议微信号推广一下         

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 楼主| 发表于 2015-5-13 09:25:05 | 显示全部楼层
walkundersky 发表于 2015-5-13 09:12
4 d, }% a7 r9 Z1 o  `满清兄有心了,前几天刚聊到这个软件,就分享出教程了!
- J7 T0 F! Y' Z% [/ y& ^  D
刚好微信圈有这个,就转过来了。

9

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病毒学院小学生

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发表于 2015-5-13 17:01:15 | 显示全部楼层
很棒的软件啊!表示喜欢!
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