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如何用Graphpad Prism5快速做出符合SCI投稿要求的统计图

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发表于 2015-5-13 08:52:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
来源:医学生学术
2 N+ \8 N6 K( o( z( J0 h/ c5 T
  您还在为做统计图头痛不已吗?还在一边抱怨excel怎么这么笨却又不想从零开始学习那些复杂的统计作图软件吗?有没有什么解决的办法呢?

" k# U6 o: j6 `+ P' {7 `
  小编发现GraphPad Prism不仅简单易学而且可以搞定大部分医学研究所需的统计与作图,所以今天总结了几种常用统计图的做法,教您轻松快速地做出漂亮的统计图,您只需花很少的时间看完这个教程就可以彻底摆脱excel笨拙的作图功能了。

- @) ?9 k% D% n( t7 D1 D; U. c
——正式开始——

5 v' u/ s& S1 o* {
1. 折线图

$ [! ^5 M& q5 v, |, V' I% B
  折线图最为统计图中很常见的一类图,它的特点是可以显示随时间而变化的连续数据,因此每个数据点都有一个相应的X轴值和Y轴值,所以我们在用graphpad做折线图时在数据表类型的选择上一般选XY图(XY graphs)。如下文实例。

- b6 x4 ~9 e& x- N' I5 q; j
1.1 根据Table1的1组原始数据(4个样本在4个时间点分别测得的OA值)做折线图

" Q! ^. w* d. M; F6 D  w
Time (days)
OA
0.
0.942
0.846
0.691
0.515
4.
0.717
0.836
0.653
0.483
24.
0.408
0.367
0.342
0.231
48.
0.451
0.409
0.335
0.196

0 G3 K( ^+ Z: E9 `
  打开Graphpad prism 5软件,选择XY图(XY graphs),折线图图标,因为是原始数据,需要软件帮你计算均值和误差,因此你要告诉软件你的Y值的样本数是多少,这边的样本数是4,因此我们把样本数设为4,如下图:
1 D( D! k# x4 d- W  o( x
) U8 ~' p0 x; `
2 D+ i( h: j- F; T; ?
  在Data分栏中将数据粘贴进去,如下图

( A' f, ^' P+ y8 [/ ~

' F1 i0 }9 C7 }' a7 h1 D: k

: A0 x* f" k+ r
  软件就会自动帮你算出均值和误差值,并做好折线图,把字体和坐标轴方向改成你想要的格式后,如下图一幅漂亮的折线图就做好了,简单吧?

: h7 h& z7 D! b0 q8 z8 b! v9 n: t
& S3 p. Q$ x5 u7 ?& q; C) x
1.2 根据Table2的原始数据(治疗组和对照组的4个样本在4个时间点分别测得的OA值)做折线图

+ f" o: F: s4 r6 B. y/ k. J
) p' M9 R% k6 M  a
+ _+ p! s4 N% l! r
  打开insert 菜单的New Data Table功能,加入一张新的数据表,见下图

7 Z4 P6 e3 L- ^$ `( W* T2 y
4 h! L  Q% f) f1 b" `/ I
2 r, v+ N: b' n6 X0 z
  仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件样本数是4

' G0 `* H3 ?& }- ?" m; i

; ^7 {2 r% a) }8 r8 _" ~
4 Q5 L) L' \2 T; }) a
  在Data栏中输入数据

7 K. V2 ~; }! k. E

8 j) F; y- r& ~3 D9 {

! @/ D7 I# y& L1 b
  软件已经自动帮你把图做好了,稍微美化后得下图:

* X: f1 v/ V! q& z! Z6 y8 \; A( N) ^6 E

7 Q: b* ]2 y! N* r
7 Q3 C5 Z& `+ Q: o. |/ {
1.3 用已经处理好的1组数据做折线图

) \% z/ [% F1 \0 B( m, [
  如果你的数据是用其他软件(excel,origin,etc..)已经处理过的,Graphpad prism也可以帮你完成剩下的作图工作,你只需告诉软件你输入的数据是已经计算好的就行了,比如你想用Table3的1组数据做折线图

$ {, F9 T# ?8 ^3 `% \% m: V9 r! j
Table3
Time (days)
OA
Mean
SD
0.
1.000
0.17
4.
1.725
0.21
24.
2.133
0.41
48.
1.859
0.56

3 ?0 z2 S: O0 G1 y/ V9 _( X
新建一个数据表,仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件你输入的是计算好的值,见下图

1 a8 S' h0 u  P' u, `! M1 r
* O% \# O" L4 [+ B
4 D( q6 [5 o! h! E: d
在data栏中粘贴数据,如下图

) Q3 X  t! h( M- _8 l3 m  a
. a" t3 i* i9 \+ q4 f$ ^9 F
$ {9 K" o( H. X3 H
  打开Graphs栏目下的Data3,看到软件已经做好了图,稍微调整一下字体的大小,就可以得出下图所示的折线图了:
) Z$ Q/ j* ?; o' p+ e
( ?4 i* }& t4 D' I
1.4 用已经处理好的2组数据做折线比较图

  j6 N: _1 F; _4 v, l- s5 e
  如果要用Table4所示的两组已经处理好的数据作图,步骤和1.3的一样。

6 J4 K; n. V, |% x+ A4 b
+ D4 U4 P" L- ]
" Z( o+ Z( @0 {
  仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件你输入的是计算好的值,见下图:

. U2 O# a& E. w1 X$ E, o+ [

9 b; _8 ^4 e+ e% q; }. U
6 w( n; h$ g' T1 b5 I- v" S, Z
  将数据粘贴进去

: l+ T( y) z9 I  {* @; R8 m' t' R: g
5 `5 o/ R: l; P0 f1 ^& Q

6 `* d; _& ^  D- d
  软件即时生成的图如下图所示:
. f/ ]7 {8 L* f7 y/ X
; `9 e- X' o" A

' l, \4 y" P% e) b% \* o
折线图的处理讲完了,简单吧,让我们来看看柱状图怎么做
9 }$ O9 ?" w$ c6 w
2. 柱状图

9 t! Y- n- T3 s5 t, t
  柱状图可以很直观地表示出不同组别之间的数值差异,和折线图不同的一点是它的X轴对应的是组别而不是数值,因此在GraphPad分类栏的选择上也有所不同,见下文的实例
, i3 P, N* J; G3 I6 D( Z
2.1根据Table 5的原始数据做柱状图

+ O, _6 D% A8 T) J4 i
Table 5
Control A
Control B
Sample1
0.942
0.717
Sample2
0.846
0.836
Sample3
0.691
0.653
Sample4
0.515
0.483

- K$ g- y1 Y, s2 J2 I& w7 \+ t4 g
  选择Column graphs栏,因为该栏默认输入的都是原始数据,因此没有输入样本数的地方,只需选择数据处理类型为(Mean&SD), 如下图。
4 D  [2 U% o% r
& W7 |( B) K/ v. V6 I& {
5 }. k: O3 H  d
在Data分栏中输入以下数据
  p; @* \5 t  q
' p5 U. \% X/ X$ S

" L5 {+ T) g3 N
软件就会自动帮你算出均值和误差值,并做好柱状图,见下图:

# l9 O/ Y& p) R  m. i8 Y" |

' }+ @4 F" q% @: m2 C
2.2 根据Table6的原始数据做两组数据比较的柱状图
" z- @, I2 L* W) K5 H; J  f1 V3 [9 p
Table 6
Group A
Group B
Control
0.942
0.846
0.691
0.515
,
0.717
0.836
0.653
0.483
Treated
0.408
0.367
0.342
0.231
0.451
0.409
0.335
0.196
3 Q5 C$ C9 \# ^
  这次因为涉及到两组数据比较,所以我们选择grouped栏,图表类型选择柱状图,因为Grouped栏并不是像Column graphs栏一样默认输入的是原始数据,因此有输入样本数的地方,这边的样本数是4,因此我们相应地设置样本为4,见下图:

$ w; }7 n! A3 H& o3 ~6 G7 @9 V

9 s1 q+ X+ S# y9 o

. u( q* }. Z9 w& `$ D
  在Data分栏中输入以下数据

! k* a+ u* j+ o; P2 \1 i
, u2 d! k. o' t5 {# O3 e! j

' X) m% t* }8 K! a9 ^7 _
  软件会自动帮你做好一幅漂亮的分组柱状图,如下图。

6 o+ f  u' `3 h1 _

4 r& o, u) x) w& K' e/ A
2.3如果你的数据是已经处理过的数据也可以直接导入或拷贝到Graphpad,现在我们用Table7中的数据做一个柱状图

9 Z9 s. D" Z" ^
Table 7
Control
Mean
SD
A
1.000
0.17
B
1.725
0.21
C
2.133
0.41
D
1.859
0.56
. c  m6 x0 w4 x) s0 S& q5 ^, y
  仍然选择Grouped栏,告诉软件你输入的值是已经计算好的,如下图

9 e4 H9 P/ I! d' I6 B/ ]
; X5 S9 x1 @  R: q
9 f$ k' X" L8 H( E
  软件及时生成柱状图,如下图
8 z( s* H. k- S5 P
( [3 l2 t# l! I- Y  ]  z  P0 q
2.4 用两组计算好的数据做一个两组比较的柱状图
! y9 [$ |7 m8 e  U/ q
用Table 8的数据做成两组比较的柱状图

( D1 w1 h2 ]8 M5 p2 A: Y9 a& d
Control
Treated
A
1.000
0.17
3.604
0.31
B
1.725
0.21
2.534
0.43
C
2.133
0.41
3.381
0.74
D
1.859
0.56
3.913
0.93

. ]: ^! d9 x3 y- [! g) P
  操作步骤和2.3一样,只需多输入一组数据,仍然选择Grouped栏,告诉软件你输入的值是已经计算好的,如下图

9 x' A2 B# M: V% P7 l2 T. d* O$ m! R- n

  E4 b$ c- ^- F. Z( M1 c* R" |

8 o0 E4 k* y: N# n9 Y( H- [, c
在data栏中输入数据
$ d/ `0 j/ ?* D1 R
/ d9 M' d/ F( s3 }8 n2 o( G+ \

5 A' N+ {& @+ o, m
软件即时生成的图如下图
" t% Z) p: y) G2 J- f
7 S+ k: S7 n3 x9 s* A$ g

8 U. ?$ A& Q" `+ y& M; s4 G
折线图和柱状图的处理都讲完了,在graphpad数据表类型的选择上小编总结出了2条规律:

4 t) l0 I; p0 i: p! U4 A  W
一、折线图,散点图这种有一一对应的X,Y值一般都选择XY栏
二、柱状图,箱型图这种有组别的数据需要用软件计算的选择column栏,处理加工过的数据一般选择group栏。

# p. T' Y) c& z6 `% [( i
3. 组合和导出图片
; Q4 I: U4 Q+ q8 S9 g( R- k
点击layout栏,出现下图所示界面
- t& J: {6 |8 T6 x0 r
1 \0 ]' U9 C+ H; B! R
4 K( Q  s- T# M
6 u; ~& T+ j4 [% x. J$ J: A9 J
  根据你的图片的数量,选择合适的布局,下图选择的是6张图分成3排排列
0 m" y7 c" E2 _$ j2 A% `" a+ T
6 A# _8 {: ^; h8 W# P  p2 h

, U9 \  [' A  j7 z. c
  将做好的图片拖到对应的方格中,用添加文章工具加入图片编号,完成后如下图所示
% d( s& {0 c2 l, v/ A6 O) ?$ F

1 [, D6 H& Y, J# a& C

3 E; z! i! n6 h( Y$ W5 m
  然后导出图片:点击File目录下的Export,出现下图所示的界面,选择好符合相关SCI杂志要求的格式,分辨率和宽度,如下图
# K, B5 ]/ F4 B+ {/ P; M! t# [& }6 \

( _  o% q  n7 y

0 e6 B5 t4 k6 B! a; d5 L  b" m
  点击ok,一张漂亮的可以直接拿去投稿的组合图就做好了,见下图

* i6 k+ i/ `- n1 a4 \
& A8 i4 t1 U( w. R* l& B3 i

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 楼主| 发表于 2015-5-13 08:55:08 | 显示全部楼层
补充,对于样本量少于5的Groups图,不建议做柱状图,而应该做散点图。

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论坛元老

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发表于 2015-5-13 09:12:24 | 显示全部楼层
满清兄有心了,前几天刚聊到这个软件,就分享出教程了!
# T' m. p( l+ i9 N' h: u% X3 W) k$ u+ k( m7 Y  {" l9 m
4 X, H" \. e/ ?
比起SAS、SPSS来说,这个GraphPad Prism易学易用,建议微信号推广一下         

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 楼主| 发表于 2015-5-13 09:25:05 | 显示全部楼层
walkundersky 发表于 2015-5-13 09:12: h7 N- e# m' |7 r. `: \
满清兄有心了,前几天刚聊到这个软件,就分享出教程了!
- @4 g$ V2 |5 u1 c% _' L  f
刚好微信圈有这个,就转过来了。

9

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病毒学院小学生

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发表于 2015-5-13 17:01:15 | 显示全部楼层
很棒的软件啊!表示喜欢!
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