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如何用Graphpad Prism5快速做出符合SCI投稿要求的统计图

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论坛元老

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发表于 2015-5-13 08:52:28 | 只看该作者 回帖奖励 |倒序浏览 |阅读模式
来源:医学生学术
0 O  }( T# ?, C: H& @9 Y9 J
  您还在为做统计图头痛不已吗?还在一边抱怨excel怎么这么笨却又不想从零开始学习那些复杂的统计作图软件吗?有没有什么解决的办法呢?
% e) h" @7 l9 d. {; E6 P; S
  小编发现GraphPad Prism不仅简单易学而且可以搞定大部分医学研究所需的统计与作图,所以今天总结了几种常用统计图的做法,教您轻松快速地做出漂亮的统计图,您只需花很少的时间看完这个教程就可以彻底摆脱excel笨拙的作图功能了。
  I; |1 j5 G: P) u  Y2 D
——正式开始——

2 U3 ^4 _2 A8 s5 C6 `. z4 K
1. 折线图
4 a5 O7 N5 v3 @" |& f2 Y/ \: \+ U
  折线图最为统计图中很常见的一类图,它的特点是可以显示随时间而变化的连续数据,因此每个数据点都有一个相应的X轴值和Y轴值,所以我们在用graphpad做折线图时在数据表类型的选择上一般选XY图(XY graphs)。如下文实例。

4 X2 X6 G. |. a5 E6 _
1.1 根据Table1的1组原始数据(4个样本在4个时间点分别测得的OA值)做折线图

* `$ _; u1 C9 e
Time (days)
OA
0.
0.942
0.846
0.691
0.515
4.
0.717
0.836
0.653
0.483
24.
0.408
0.367
0.342
0.231
48.
0.451
0.409
0.335
0.196

1 i, n: @9 |( s: W4 \$ M
  打开Graphpad prism 5软件,选择XY图(XY graphs),折线图图标,因为是原始数据,需要软件帮你计算均值和误差,因此你要告诉软件你的Y值的样本数是多少,这边的样本数是4,因此我们把样本数设为4,如下图:

; F- T4 i. J4 j. o- N. @
, N' Y# n8 d. d' Q" O- p' ~
: ]9 G! O* L2 M, P) r3 A) @
  在Data分栏中将数据粘贴进去,如下图
5 \5 ]+ R3 F5 j

2 {, ?& A" j! q# m! P  J1 ~# f
  `- Z$ ?) @! a1 H$ p; x& u+ U
  软件就会自动帮你算出均值和误差值,并做好折线图,把字体和坐标轴方向改成你想要的格式后,如下图一幅漂亮的折线图就做好了,简单吧?
8 N$ e; d- ]" Q8 k  Z) r2 g
& D, H5 c2 m* t( [
1.2 根据Table2的原始数据(治疗组和对照组的4个样本在4个时间点分别测得的OA值)做折线图

: U$ i! e, M& z8 U) v" i

) i( ?: ]0 a0 {6 r+ `5 ^

4 n; Y! o/ q! o2 {; _, a
  打开insert 菜单的New Data Table功能,加入一张新的数据表,见下图

" S8 y& F) A" U# t  @0 C1 h, I
. [/ m8 k. i, d8 @, z

4 w- Z# w2 K1 T  B, j
  仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件样本数是4
2 t' ^* ]2 J( W4 l7 W

& g; L1 ]/ t/ Y1 C

4 l$ l4 ?- c1 N2 U
  在Data栏中输入数据

% `  Y$ Z) o4 q( i4 D
6 f, n- b" f- V1 c) E
  H- ]2 r0 K1 Z* G* }
  软件已经自动帮你把图做好了,稍微美化后得下图:

" c* S8 X" n8 [8 w- T8 P9 G" a- N

7 g- Q  _# ?9 |
% N! q( [2 p4 ?
1.3 用已经处理好的1组数据做折线图

- i2 _" r" A+ b7 l
  如果你的数据是用其他软件(excel,origin,etc..)已经处理过的,Graphpad prism也可以帮你完成剩下的作图工作,你只需告诉软件你输入的数据是已经计算好的就行了,比如你想用Table3的1组数据做折线图
. t  r- C$ J, K
Table3
Time (days)
OA
Mean
SD
0.
1.000
0.17
4.
1.725
0.21
24.
2.133
0.41
48.
1.859
0.56

' W9 F2 t, V6 U
新建一个数据表,仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件你输入的是计算好的值,见下图

! G: w5 }' \9 @+ \( p( m% O

- o7 _# u- L, W& T4 l$ T3 n
* o: A  r) D" Q9 e8 K
在data栏中粘贴数据,如下图
5 s: _3 O. ^9 V8 B( b/ v& U+ O- Y
) Z$ e6 l* Q1 ~/ S4 ?" U  g; C

& x+ c. y/ y5 f4 R1 x: u
  打开Graphs栏目下的Data3,看到软件已经做好了图,稍微调整一下字体的大小,就可以得出下图所示的折线图了:

' r4 p& H! N8 Z5 x

3 ]$ [* n: r* x9 y' b
1.4 用已经处理好的2组数据做折线比较图
# s% m. g4 j) d  k0 d7 Z+ x
  如果要用Table4所示的两组已经处理好的数据作图,步骤和1.3的一样。

1 c# X3 {2 a: d- w4 D

. J& U; b$ F5 |# V: E# L  Y0 L* l

& t, R# G+ \' I( z1 C, X
  仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件你输入的是计算好的值,见下图:

# t9 `: y& `8 B; n* Z0 @/ Z

- D. A9 L5 ~) ^# g7 b' j- \
' I3 B: ^4 |" B8 H8 b) m
  将数据粘贴进去
4 _8 M) @& D, @7 e8 l
- f' T3 w: P/ l8 i  b" a
7 W7 g* L6 \  a/ x# v9 g4 {" h
  软件即时生成的图如下图所示:

% `6 d8 _! V" G
8 w9 d" M, _. q9 n+ [( T

( N5 q1 i4 H% p
折线图的处理讲完了,简单吧,让我们来看看柱状图怎么做

7 }7 B6 k: d+ _' a; m
2. 柱状图
1 V" w6 |9 y( ~; J' N# Y1 {- Y' r
  柱状图可以很直观地表示出不同组别之间的数值差异,和折线图不同的一点是它的X轴对应的是组别而不是数值,因此在GraphPad分类栏的选择上也有所不同,见下文的实例

6 j: W5 h: p8 Z7 I
2.1根据Table 5的原始数据做柱状图

+ Q5 [5 ~% m+ o7 q; }
Table 5
Control A
Control B
Sample1
0.942
0.717
Sample2
0.846
0.836
Sample3
0.691
0.653
Sample4
0.515
0.483
, y  X) |6 U/ M0 T' I- J- r
  选择Column graphs栏,因为该栏默认输入的都是原始数据,因此没有输入样本数的地方,只需选择数据处理类型为(Mean&SD), 如下图。
" b$ Q6 e/ m; I8 l' `

/ Z7 _& K0 |: F5 B0 X3 e- W6 I
. E& l  o- \1 V! ^% e
在Data分栏中输入以下数据

. x: }# d" G8 U( Z- K+ C8 M8 L! H
- Q4 y2 `" _( _" H+ P5 S6 P
0 C2 p! b! ~( c$ q, c, |
软件就会自动帮你算出均值和误差值,并做好柱状图,见下图:
% T7 j' Q+ \" H5 Y" ]; x

2 Q8 c# m0 H: H
2.2 根据Table6的原始数据做两组数据比较的柱状图
& K; @2 U1 G) h; j. V
Table 6
Group A
Group B
Control
0.942
0.846
0.691
0.515
,
0.717
0.836
0.653
0.483
Treated
0.408
0.367
0.342
0.231
0.451
0.409
0.335
0.196

3 r+ B5 @& p8 F
  这次因为涉及到两组数据比较,所以我们选择grouped栏,图表类型选择柱状图,因为Grouped栏并不是像Column graphs栏一样默认输入的是原始数据,因此有输入样本数的地方,这边的样本数是4,因此我们相应地设置样本为4,见下图:
) B: E6 x. s1 q7 r- F+ v3 u
) J  I/ t2 `5 \, _% ^
; @7 ~5 d8 S2 B$ I5 ]# d
  在Data分栏中输入以下数据

: t9 ~* ]( Y2 d. N  k" _' S; K2 Z

% z# h: F" j% ^

$ G% L% x, K* m  p6 q
  软件会自动帮你做好一幅漂亮的分组柱状图,如下图。

1 B$ y( d% x2 W) k" B! t4 m0 @
3 L% V; ?0 U# M! e. S( e9 t
2.3如果你的数据是已经处理过的数据也可以直接导入或拷贝到Graphpad,现在我们用Table7中的数据做一个柱状图
2 p/ i4 J7 j4 |# K
Table 7
Control
Mean
SD
A
1.000
0.17
B
1.725
0.21
C
2.133
0.41
D
1.859
0.56
0 o" Y: I9 ~. q
  仍然选择Grouped栏,告诉软件你输入的值是已经计算好的,如下图
, J( Y( H* N7 C: s) o. q, U2 g

9 H$ A0 S4 D: \) G/ B. n

& ~0 m. u# u7 _8 h, A7 D
  软件及时生成柱状图,如下图

4 a: {/ r5 z, {" f
) Y+ C7 S6 C' x7 j
2.4 用两组计算好的数据做一个两组比较的柱状图

! s7 X3 f* A! h2 h) J
用Table 8的数据做成两组比较的柱状图
8 Z' r% n' F$ `: g& V5 h. `
Control
Treated
A
1.000
0.17
3.604
0.31
B
1.725
0.21
2.534
0.43
C
2.133
0.41
3.381
0.74
D
1.859
0.56
3.913
0.93

/ [  Z6 H, d  O* _; n
  操作步骤和2.3一样,只需多输入一组数据,仍然选择Grouped栏,告诉软件你输入的值是已经计算好的,如下图

2 i# V- ^1 A* H' m/ x  l6 T! F5 j
" ~5 X" P3 r# L  J
* N' `& j* P  @% L; W( ^
在data栏中输入数据

6 I8 r" B: i9 H7 [
. S) u7 g  W  h

  J! q) [! N! k9 x. q  X
软件即时生成的图如下图
- r. k1 z+ q6 [- d

' L7 {% w( b/ \7 h: g" ?

. M! W/ F' Q/ g
折线图和柱状图的处理都讲完了,在graphpad数据表类型的选择上小编总结出了2条规律:
7 ?: S$ C" K- m! M9 ]! C' B# R7 ~$ N
一、折线图,散点图这种有一一对应的X,Y值一般都选择XY栏
二、柱状图,箱型图这种有组别的数据需要用软件计算的选择column栏,处理加工过的数据一般选择group栏。

/ o, ~( f+ R5 |( [9 u% K$ z- U
3. 组合和导出图片
( z9 ?( S8 H2 k- T% Y6 [3 R& ~8 {) k
点击layout栏,出现下图所示界面
2 p2 Z. j" c' m& f
0 B; i* {# n! A
+ l. }7 Y0 M, g- c
7 F, ?$ O- b- c$ R4 ?1 ~5 M9 z1 |
  根据你的图片的数量,选择合适的布局,下图选择的是6张图分成3排排列
1 X5 n0 X2 v# C# ^7 r# d
3 m5 g; o& Q: C& k7 r

0 D9 m- \4 Z+ Z( g' d
  将做好的图片拖到对应的方格中,用添加文章工具加入图片编号,完成后如下图所示
( G. ?2 X" v! f( ?. d3 B
; ~' }( K2 h5 ^. V  r  `$ d

- d9 R( `% ]3 }& d6 {6 U% d
  然后导出图片:点击File目录下的Export,出现下图所示的界面,选择好符合相关SCI杂志要求的格式,分辨率和宽度,如下图

" Y; [5 q; T9 v' |& }

" y( `: A9 i' [: O

0 {' e6 [3 ], d( S
  点击ok,一张漂亮的可以直接拿去投稿的组合图就做好了,见下图
* ?# ~# w& u- g4 r4 k- S8 G3 m! Y$ h
" N7 d: c8 a9 `
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沙发
 楼主| 发表于 2015-5-13 08:55:08 | 只看该作者
补充,对于样本量少于5的Groups图,不建议做柱状图,而应该做散点图。

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板凳
发表于 2015-5-13 09:12:24 | 只看该作者
满清兄有心了,前几天刚聊到这个软件,就分享出教程了!. X! J' F' W& m' h# u3 z

9 h% Y2 K9 d; B2 [2 Z+ c+ n8 R8 A) ]; r. p% V
比起SAS、SPSS来说,这个GraphPad Prism易学易用,建议微信号推广一下         

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地板
 楼主| 发表于 2015-5-13 09:25:05 | 只看该作者
walkundersky 发表于 2015-5-13 09:12
& J; ?- z  r( K# Y满清兄有心了,前几天刚聊到这个软件,就分享出教程了!
/ {% }* {3 e2 ^( L0 Y$ G, z  U
刚好微信圈有这个,就转过来了。

9

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病毒学院小学生

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5#
发表于 2015-5-13 17:01:15 | 只看该作者
很棒的软件啊!表示喜欢!
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